Cùng với việc ban hành Nghị định số 63/2003/NĐ-CP của Chính phủ về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Văn hoá – Thông tin, Nghị định số 54/2003/NĐ-CP ngày 19 tháng 5 năm 2003 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ và Nghị định số 28/2004/NĐ-CP ngày 16/01/2004 của Chính phủ Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 54/2003/NĐ-CP, thẩm quyền quản lý nhà nước về quyền tác giả được phân cho Bộ Văn hóa – Thông tin quản lý quyền tác giả các tác phẩm văn học – nghệ thuật và Bộ Khoa học – Công nghệ quản lý sở hữu trí tuệ (không bao gồm quyền tác giả đối với tác phẩm văn học, nghệ thuật); Cục Bản quyền tác giả được đổi tên thành Cục Bản quyền tác giả văn học – nghệ thuật và Cục Sở hữu công nghiệp được đổi tên thành Cục Sở hữu trí tuệ.
Tuy nhiên, trên thực tế việc phân định này không khả thi và Cục Sở hữu trí tuệ tiếp tục chỉ quản lý các đồi tượng sở hữu công nghiệp, còn Cục Bản quyền tác giả tiếp tục quản lý và đăng ký quyền tác giả đối với tất cả các loại hình tác phẩm bao gồm cả các tác phẩm khoa học và CTMT. Trong khi đó Bộ Bưu chính-Viễn thông là cơ quan quản lý nhà nước về tin học lại hầu như không tham gia vao việc quản lý, xây dựng các khung pháp lý về bảo họ bản quyền CTMT.
