Doanh nghiệp nhỏ và vừa (DNNVV) đóng vai trò quan trọng trong nền kinh tế Việt Nam, chiếm tới hơn 97% tổng số doanh nghiệp trên cả nước. Tuy nhiên, nhóm doanh nghiệp này cũng thường xuyên đối mặt với các rủi ro pháp lý trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế. Những rủi ro này không chỉ đến từ sự thay đổi thường xuyên của chính sách thuế, mà còn xuất phát từ chính những hạn chế nội tại về năng lực quản trị, tổ chức kế toán và hiểu biết pháp lý của doanh nghiệp.
Nhằm hỗ trợ doanh nghiệp nhận diện và phòng tránh các rủi ro pháp lý phổ biến, tài liệu “Cẩm nang: Các tình huống pháp lý về thuế liên quan đến doanh nghiệp nhỏ và vừa” do Bộ Tư pháp phối hợp với các cơ quan chuyên môn xây dựng đã tổng hợp 120 tình huống thực tiễn, với nội dung phong phú và đa dạng. Dưới đây là tổng hợp nội dung và bình luận pháp lý từ một số nhóm tình huống tiêu biểu:
1. Tình trạng không treo biển hiệu, không hoạt động tại trụ sở – Bị khóa mã số thuế
Nhiều doanh nghiệp siêu nhỏ sử dụng nhà riêng làm trụ sở đăng ký kinh doanh, nhưng không treo biển hiệu, không duy trì liên lạc với cơ quan thuế. Khi cơ quan thuế không thể liên hệ, thực hiện xác minh mà không có người đại diện, doanh nghiệp sẽ bị xác định là “không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký” và bị khóa mã số thuế theo quy định tại Thông tư 95/2016/TT-BTC.
Hậu quả pháp lý là doanh nghiệp bị cấm phát hành hóa đơn, bị đóng băng mọi giao dịch có liên quan đến mã số thuế, và gặp khó khăn khi muốn khôi phục hoạt động.
Khuyến nghị: Doanh nghiệp cần đảm bảo trụ sở hoạt động thực tế, treo bảng hiệu hợp lệ và duy trì kênh liên lạc với cơ quan thuế để tránh bị coi là doanh nghiệp “bỏ trốn” hay “ma”.
2. Sử dụng hóa đơn bất hợp pháp – Truy thu và xử phạt
Nhiều doanh nghiệp bị xử phạt do sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp đã bỏ trốn, bị nghi là “công ty ma” hoặc công ty chuyên bán hóa đơn. Trong một số trường hợp, mặc dù giao dịch mua bán hàng hóa là có thật và đã thanh toán qua ngân hàng, nhưng vì bên bán bị xác định vi phạm, bên mua vẫn bị loại chi phí và không được khấu trừ thuế GTGT.
Tòa án đã đưa ra tiêu chí đánh giá hóa đơn hợp pháp gồm:
-
Thời điểm xuất hóa đơn có trước thời điểm doanh nghiệp bỏ trốn hay không;
-
Có dấu hiệu mua bán hóa đơn không;
-
Giao dịch và thanh toán có thật sự diễn ra hay không.
Khuyến nghị: Doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ tư cách pháp lý của đối tác, kiểm tra cảnh báo hóa đơn của Tổng cục Thuế, lưu giữ hợp đồng, chứng từ giao nhận và thanh toán đầy đủ.
3. Không kê khai đúng thời điểm, kê khai thiếu, hoặc không điều chỉnh sau thanh tra
Nhiều doanh nghiệp bị truy thu thuế và xử phạt 20% vì kê khai sai thời điểm, không kê khai bổ sung khi có chênh lệch sau kiểm toán, không phản ánh đúng doanh thu – chi phí.
Trường hợp không nộp tờ khai đúng thời hạn, hoặc không điều chỉnh khi có thông báo từ cơ quan chức năng, sẽ dẫn đến các khoản phạt hành chính, truy thu và tiền chậm nộp.
Khuyến nghị: Doanh nghiệp cần có bộ phận kế toán chuyên trách hoặc thuê đơn vị kế toán – tư vấn thuế có chuyên môn, chủ động rà soát và đối chiếu dữ liệu khai thuế hàng tháng/quý.
4. Kê khai chi phí không đủ điều kiện hợp lý – Không được trừ thuế TNDN
Một số doanh nghiệp kê khai chi phí nhân công, tiền lương, chi phí thuê văn phòng, thuê kho bãi… nhưng không có hợp đồng lao động, không có chứng từ thanh toán, hoặc thanh toán bằng tiền mặt không đúng quy định. Hệ quả là các khoản chi phí này bị loại khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Khuyến nghị: Doanh nghiệp cần đảm bảo mọi khoản chi đều có:
-
Hợp đồng rõ ràng;
-
Chứng từ thanh toán hợp lệ (ưu tiên chuyển khoản);
-
Biên bản nghiệm thu, hóa đơn tài chính hợp lệ.
5. Tranh chấp về hoàn thuế, thanh tra thuế và thời hiệu khiếu nại
Một số doanh nghiệp bị truy thu hoặc không được hoàn thuế GTGT do: không đủ điều kiện khấu trừ, thanh toán không đúng phương thức, hoặc hóa đơn từ doanh nghiệp đã bị cảnh báo.
Có tình huống kéo dài thời hạn giải quyết khiếu nại trên 1 năm, gây thiệt hại lớn cho doanh nghiệp. Một số trường hợp doanh nghiệp đã khởi kiện hành chính, yêu cầu tòa hủy quyết định của cơ quan thuế.
Khuyến nghị: Nắm rõ thời hiệu khiếu nại và quyền khởi kiện hành chính theo Luật Khiếu nại và Luật Tố tụng hành chính để bảo vệ quyền lợi.
6. Gian lận hóa đơn, lập công ty ma – Trách nhiệm pháp lý và rủi ro hình sự
Một số cá nhân đã lợi dụng giấy tờ tùy thân giả hoặc chiếm đoạt CMND để lập công ty “ma” bán hóa đơn. Các doanh nghiệp có giao dịch với những công ty này, dù không biết rõ hành vi gian dối, cũng bị ảnh hưởng: không được khấu trừ thuế GTGT, không được tính chi phí, thậm chí bị truy cứu trách nhiệm hình sự nếu có dấu hiệu thông đồng.
Khuyến nghị: Kiểm tra kỹ lý lịch pháp lý của đối tác, xác minh trực tiếp tại trụ sở hoặc cơ quan đăng ký kinh doanh, tuyệt đối không “mua hóa đơn” hoặc nhờ xuất hộ hóa đơn.
Tham khảo thêm tại : [pdf-embedder url=”https://luatsu-vn.com/wp-content/uploads/2025/07/Cam-nang-tinh-huong-thue-21-1.pdf” title=”Cẩm nang tình huống thuế 21) (1)”]
