Đối với trương hợp nhà đầu tư nước ngoài đầu tư nhiều dự án tại các địa phương khác nhau nhưng chỉ thành lập 1 tổ chức kinh tế thì trình thự theo nguyên tắc thực hiện thủ tục thành lập doanh nghiệp (gắn với ít nhất 1 dự án đầu tư) trước
(bước 1) tại cơ quan cấp chứng nhận đầu tư nơi đặt trụ sở chính; khi đã có tư cách pháp nhân, doanh nghiệp tiếp tục thủ tục đăng ký/hoặc đề nghị cấp giấy chứng nhận đầu tư
(bước 2) tại cơ quan cấp chứng nhận đầu tư nơi thực hiện dự án đầu tư. Thời điểm thực hiện bước 2 nếu co snhieeuf dự án đầut ư tại các địa bàn khác nhau có thể tiến hành đồng thời quy trình cấp Giấy chứng nhận đầu tưu cho các dự án khác nhau. Trình tự của các bước 1 bước 2 như sau:
Bước 1: nộp hồ sơ đăng ký/hoặc đề nghị cấp Giấy chứng nhận đầu tư để thực hiện dự án đâu tư gắn với việc thành lập doanh nghiệp.
Địa điểm nộp hồ sơ dự án: cơ quan tiếp nhận hồ sơ dự án nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính (quy định tại Điều 40 Nghị định 180/2006/NĐ-CP)
Hồ sơ dự án gồm Bản đăng ký/hoặc đề nghị (Mẫu phụ lục I-3 Quyết định 1088/2006/QĐ-BKH) và các văn bản theo quy định tại Điều 44, 45, 46, 47, 48, 49 và 53 Nghị định 108/2006/NĐ-CP tùy thuộc dự án thuộc quy trình đăng ký hoặc thẩm tra cấp Giấy chứng nhận đầu tư và tùy thuộc vào loại hinh doanh nghiệp và hinh thức đầu tư.
Cơ quan cấp giấy chứng nhận đầu tư cấp Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho nhà đầu tư (Mẫu Phụ lục II-3 Quyết định 1088/2006/QĐ-BKH)
Bước 2: nộp hồ sơ đăng ký hoặc đề nghị cấp Giấy chứng nhận đầu tư để thực hiện dự án đầu tư tại các địa phương khác
Địa điểm nộp hồ sơ dự án: cơ quan tiếp nhận hồ sơ dự án nơi có dự án đầu tư (quy định tại Điều 40 Nghị định 108/2006/NĐ-CP)
Hồ sơ dự án gồm Bản đăng ký/hoặc đề nghị (mẫu Phụ lục I-1 và I-2, Quyết định 1088/2006/QĐ-BKH). Bản sao hợp lệ Giấy chứng nhận đầu tư đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh của Doanh nghiệp và các văn bản theo quy định tại Điều 44, 45, 46, 47, 48 và 49 Nghị định 108/2006/NĐ-CP tùy thuộc vào dự án thuộc quy trình đăng ký hoặc thẩm tra cấp Giấy chứng nhận đầu tư và tùy thuộc vào hình thực đầu tư
Cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư cấp cho doanh nghiệp Giấy chứng nhận đầu tư (Mẫu phụ lục II-1 hoặc II-2)