Mặc dù có những điểm tương đồng lớn nhưng giữa nhượng quyền thương mại và hoạt động chuyển giao công nghệ vẫn có rất nhiều điểm khác biệt với nhau:
Thứ nhất, về mặt tính chất của hoạt động:
Nếu như nhượng quyền thương mại là phương thức mở rộng quy mô sản xuất kinh doanh thông qua việc cho phép một doanh nghiệp khác được sản xuất kinh doanh trên cơ sở uy tín, tên thương mại, công nghệ.v.v.. của Bên nhượng quyền, thì chuyển giao công nghệ lại chỉ đơn thuần là việc chuyển giao các công nghệ để ứng dụng nó vào quá trình sản xuất.
Thứ hai, về quyền năng của bên nhận quyền đối với đối tượng chuyển giao:
Khi một doanh nghiệp nhận công nghệ, họ có quyền ứng dụng công nghệ đó để sản xuất ra sản phẩm dưới bất kỳ thương hiệu, kiểu dáng, tên thương mại nào mà họ mong muốn.
Trong khi đó, đối với hoạt động nhượng quyền thương mại, Bên nhận quyền chỉ được sử dụng các công nghệ mà mình nhận được để sản xuất, cung ứng các loại dịch vụ có cùng chất lượng, hình thức và dưới nhãn hiệu hàng hoá, tên thương mại của Bên nhượng quyền.
Bên cạnh đó, Bên nhận quyền còn phải tuân theo sự bày trí cửa hàng, cung cách phục vụ khách hàng, phương pháp xúc tiến thương mại của Bên nhượng quyền. Đặc biệt, các doanh nghiệp cùng nhận quyền thương mại từ một doanh nghiệp nhất định sẽ có mối quan hệ với tư cách là các thành viên trong cùng một mạng lưới kinh doanh, mối quan hệ này không bao giờ hình thành giữa các doanh nghiệp cùng nhận quyền chuyển giao công nghệ.
Thứ ba, sự khác nhau về phạm vi đối tượng của hoạt động:
Nếu như trong hoạt động chuyển giao công nghệ, đối tượng của nó là “các kiến thức tổng hợp của công nghệ hoặc máy móc, thiết bị, dịch vụ, đào tạo… kèm theo các kiến thức công nghệ”, tức là chủ yếu tập trung vào công nghệ sản xuất ra sản phẩm, quy trình sản xuất ra sản phẩm.
Trong khi đó, nhượng quyền thương mại như đã đề cập ở trên có phạm vi đối tượng không chỉ bao gồm quy trình sản xuất mà còn cả các quy trình sau sản xuất nhằm đưa sản phẩm đến tay người tiêu dùng, quy trình quản lý – không chỉ giới hạn ở cơ cấu tổ chức, chính sách kinh doanh, kiểm toán, nhân sự, thậm chí cả tiêu chuẩn cho việc thiết kế, trang trí cửa hàng, nhà xưởng.
Thêm nữa, sự khác biệt còn nằm ở sự hỗ trợ, kiểm soát của bên nhượng quyền đối với bên nhận quyền:
Trong nhượng quyền thương mại thì đây là một nội dung cốt lõi và không thể thiếu được nhằm đảm bảo tính thống nhất của toàn bộ hệ thống nhượng quyền, tuy nhiên, trong hoạt động chuyển giao công nghệ thì về nguyên tắc, sau khi chuyển giao công nghệ xong bên chuyển quyền sẽ không hỗ trợ gì thêm đối với bên nhận quyền và bên chuyển quyền cũng không có quyền kiểm soát hoạt động sản xuất – kinh doanh của bên nhận quyền.