Khoản 2 Điều 28 Nghị định 108/2006/NĐ-CP quy định: trong quá trình thực hiện dự án đầu tư, nếu nhà đầu tư không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư thì không được hưởng ưu đãi đầu tư. Trong trường hợp này, cơ quan quản lý sẽ điều chỉnh mức ưu đãi của doanh nghiệp phù hợp với tình hình hoạt động thực tế của doanh nghiệp và các quy định hiện hành về thuế thu nhập doanh nghiệp.
Theo cam kết gia nhập WTO, ta đồng ý bãi bỏ hoàn toàn trợ cấp xuất khẩu và trợ cấp nội địa hóa, tuy nhiên,với các ưu đãi đầu tư dành cho sản xuất hàng xuất khẩu đã cấp trước ngày gia nhập WTO, ta bảo lưu được thời gian quá độ là 5 năm (trừ đối với ngành dệt may), Theo đó, các dự án thực hiện đang được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi liên quan đến tỷ lệ xuất khẩu trước đây tiếp tục được hưởng các ưu đãi đó trong Giấy phép đầu tư đến hết trong thời hạn 5 năm kể từ ngày 11/7/2007 (trừ các dự án ngành dệt may)
Chính phủ sẽ quy định việc thay đổi này theo quy định tại một nghị định mới.
