Việc nộp đơn đăng ký nhãn hiệu thông qua kênh quốc gia (trực tiếp tại từng quốc gia) và thông qua hệ thống Madrid có sự khác nhau cơ bản.
Việc đăng ký nhãn hiệu thông qua hệ thống Madrid cũng mang lại nhiều lợi ích cho người nộp đơn.
Hình dưới đây sẽ minh họa sự khác nhau đó:
| nNhiều cơ quan nhận đơn | nMột cơ quan nhận đơn |
| nNhiều mẫu đơn đăng ký | nMột mẫu đơn duy nhất |
| nNhiều ngôn ngữ | nMột ngôn ngữ |
| nNhiều loại tiền tệ | nMột loại tiền tệ |
| nNhiều đăng ký | nMột đăng ký quốc tế |
| nNhiều gia hạn | nMột gia hạn |
| nNhiều sửa đổi | nMột sửa đổi |
| nPhải nộp đơn thông qua đại diện | nChỉ cần đến đại diện trong trường hợp bị từ chối |
