Công ty cổ phần là loại hình công ty đối vốn, có khả năng thu hút vốn của những người đến sau không có giới hạn, nên pháp luật cần có những quy định rất chặt chẽ trong cơ cấu tổ chức quản lý công ty. Do đó, Luật Doanh nghiệp 2005 đã quy định khá chặt chẽ đặc biệt là thẩm quyền của các cơ quan quản lý của công ty cổ phần, nguyên tắc biểu quyết, thủ tục triệu tập họp và điều kiện thể thức để quy định của các cơ quan đó có hiệu lực.
Công ty cổ phần phải có tối thiểu ba cơ quan, đó là: Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị và Giám đốc. Công ty cổ phần có trên mười một cổ đông là cá nhân hoặc có cổ đông là tổ chức sở hữu trên 50% tổng số cổ phần của công ty phải có Ban kiểm soát. Trường hợp công ty cổ phần có từ 11 cổ đông trở xuống và không có cổ đông là tổ chức sở hữu trên 50% vốn thì việc lập Ban kiểm soát cũng không bị cấm. Nhiệm vụ cụ thể của từng cơ quan được quy định trong các Điều 96, 108 và 123 của Luật Doanh nghiệp 2005.
Đại hội đồng cổ đông là cơ quan quyết định cao nhất của công ty cổ phần, có thẩm quyền đối với những vấn đề cơ bản và quan trọng nhất của công ty. Quyết định của Đại hội đồng cổ đông chỉ bị vô hiệu khi có bản án, quyết định đã có hiệu lực của Tòa án, Trọng tài. Trong khi bản án, quyết định chưa có hiệu lực thì quyết định của Đại hội đồng cổ đông vẫn có hiệu lực.
Trong công ty cổ phần cần đặc biệt chú ý đến thủ tục hành chính, nhất là thủ tục trước, trong và sau cuộc họp Đại hội đồng cổ đông. Các thủ tục này nhìn chung là phức tạp và đôi khi trở thành rào cản trong hoạt động của các công ty cổ phần có ít cổ đông.
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý công ty, có quyền nhân danh công ty trong mọi quan hệ. Quyết định của Hội đồng quản trị là quyết định của tập thể, không phải là quyết định của từng cá nhân thành viên Hội đồng quản trị. Nếu như quyết định của Đại hội đồng cổ đông được thông qua theo nguyên tắc số vốn thì quyết định của Hội đồng quản trị được thông qua theo nguyên tắc mỗi thành viên Hội đồng quản trị có một phiếu biểu quyết.
Cổ đông có thể là tổ chức, tham gia Đại hội đồng cổ đông thông qua đại diện, song thành viên Hội đồng quản trị chỉ có thể là cá nhân. Chủ tịch Hội đồng quản trị có thể kiêm Giám đốc công ty và phải quy định tại điều lệ công ty.
Các cơ quan hành chính nhà nước không được can thiệp vào quản trị nội bộ công ty cổ phần, không có quyền công nhận Đại hội đồng cổ đông là hợp pháp hay không hợp pháp, không có quyền yêu cầu kiểm điểm các chức danh quản lý của công ty cổ phần. Việc phán quyết các tranh chấp nội bộ trong công ty cổ phần là chức năng của Tòa án, Trọng tài khi có khiếu kiện.
Theo Luật gia:Cao Bá Khoa và Luật sư: Trần Hữu Huỳnh.