Nguyên tắc tiến hành thủ tục hải quan được quy định tại Điều 15 Luật Hải quan 2005. Theo đó, thủ tục hải quan được tiến hành dựa trên các nguyên tắc sau:
- Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu , quá cảnh, phương tiện vận tải xuất, nhập cảnh, quá cảnh phải được làm thủ tục hải quan, chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan, vận chuyển đúng tuyến đường, qua cửa khấu theo quy định của pháp luật .
- Kiểm tra hải quan được thực hiện trên cơ sở phân tích thông tin, đánh giá việc chấp hành pháp luật của chủ hàng, mức độ rủi ro về vi phạm pháp luật hải quan để đảm bảo quản lý nhà nước về hải quan và không gây khó khăn cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu.
- Hàng hóa, phương tiện vận tải được thông quan sau khi đã làm thủ tục hải quan.
- Thủ tục hải quan phải được thực hiện công khai, nhanh chóng, thuận tiện và theo đúng quy định của pháp luật.
- Việc bố trí nhân lực, thời gian làm việc phải đáp ứng yêu cầu hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh.
