Các Nghị định số 105/2006/NĐ-CP, 106/2006/NĐ-CP đã quy định trình tự, thủ tục để xử lý đối với các hành vi xâm phạm quyền và giả mạo NH, CDĐL. Đó là trình tự thủ tục đầy đủ (áp dụng đối với hành vi sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu hàng hóa xâm phạm quyền NH, CDĐL) và thủ tục rút gọn (áp dụng đối với hành vi sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu hàng hóa giả mạo NH, CDĐL).
Theo quy định tại Điều 23, Điều 24 của Nghị định số 105/2006/NĐ-CP, thủ tục đầy đủ áp dụng cho việc xử lý hàng hoá xâm phạm quyền SHCN (trong đó có xâm phạm quyền đối với NH, CDĐL) quy định về đơn yêu cầu, chứng cứ phải cung cấp. Trong đó có một thủ tục bắt buộc là chủ thể quyền phải có khuyến cáo, yêu cầu bên xâm phạm phải chấm dứt hành vi xâm phạm trong thời hạn hợp lý. Sau thời hạn đó, nếu bên xâm phạm không chấm dứt thì có quyền yêu cầu các cơ quan có thẩm quyền xử lý.
Tuy nhiên, đối với hành vi sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu hàng hoá giả mạo NH, CDĐL, Điều 24 Nghị định số 106/2006/NĐ-CP quy định thủ tục rút gọn như sau: Khi phát hiện và có đầy đủ chứng cứ về việc sản xuất, kinh doanh hàng hóa giả mạo NH, CDĐL, cơ quan xử lý vi phạm có quyền quyết định đình chỉ hành vi này, lập biên bản về hành vi vi phạm mà không cần phải tuân theo trình tự, thủ tục đầy đủ, áp dụng đối với hàng hóa xâm phạm quyền.
Trong trường hợp có đầy đủ các chứng cứ chứng minh thuộc một trong các trường hợp cần áp dụng biện pháp ngăn chặn, bảo đảm xử phạt theo quy định tại khoản 1 Điều 215 của Luật SHTT, cơ quan xử lý vi phạm có quyền áp dụng các biện pháp phù hợp theo quy định tại khoản 2 Điều 215 của Luật SHTT. Đó là trong trường hợp cần thiết, hoặc theo yêu cầu có quyền áp dụng các biện pháp ngăn chặn và bảo đảm xử phạt hành chính theo quy định tại Điều 215 của Luật SHTT và Điều 25 Nghị định số 106/2006/NĐ-CP. Có nghĩa là có quyền tạm giữ vật chứng, tang vật vi phạm, ngăn ngừa hành vi tẩu tán hàng hóa là vật chứng của hàng hóa giả mạo.
Trong trường hợp chứng cứ về hàng hóa giả mạo NH, CDĐL chưa rõ ràng, cơ quan phát hiện hàng hóa giả mạo có trách nhiệm kiểm tra, xác minh hoặc yêu cầu cơ quan công an xác minh, thu thập chứng cứ về hành vi vi phạm, trưng cầu giám định SHCN.
